L'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), créée en 1999, est un établissement public indépendant qui propose des solutions pour éclairer la décision publique et garantir un niveau de sécurité satisfaisant. L’AFSSA veille, alerte, produit de nouvelles connaissances, assure une expertise scientifique collégiale, conduit des recherches, exerce des missions de référence (via ses laboratoires), évalue le rapport  bénéfice-risque, émet des avis scientifiques, recommande des mesures de protection sanitaire, réalise des actions de formation et informe sur ses travaux.

 
C’est grâce à l’AFSSA que le ministère de l’Agriculture va donner les autorisations de mise sur le marché (AMM) de produits phytosanitaires : les avis de l’AFSSA fournissent effectivement la base scientifique de la décision politique, en évaluant les produits de traitement des cultures avant leur mise sur le marché.

La mise sur le marché des produits de protection des plantes est strictement encadrée et harmonisée au niveau européen par la directive 91/414/CEE. La Loi de 1998 créant l’AFSSA indique, parmi les missions de l’Agence visant à assurer la sécurité sanitaire dans le domaine de l’alimentation, « l’évaluation des risques sanitaires que peuvent présenter les produits phytosanitaires ». La Loi d'Orientation Agricole du 5 janvier 2006 a confié à l'Agence l'évaluation a priori des préparations phytopharmaceutiques, tout en confortant son rôle dans l'évaluation a posteriori par la prise en compte des données de suivi de surveillance et de contrôle.

L’AFSSA instruit les demandes d’autorisation de mise sur le marché présentées par les industriels, évalue l’efficacité de ces produits sur les cultures concernées et les risques qu’ils peuvent présenter aussi bien pour la santé humaine que pour l’environnement, grâce aux données fournies par les industriels et par des expérimentations indépendantes, et soumet enfin un avis aux autorités qui prennent les décisions d’autorisation de mise sur le marché. Elle juge du niveau acceptable des risques au regard des bénéfices attendus.

De part les avis positifs que l’AFSSA a donné vis-à-vis des produits phytosanitaires Gaucho, Régent et Cruise, l’expertise de l’agence est fortement critiquée par une partie des apiculteurs, par certaines associations environnementales, qui mettent en cause ses méthodes d’expertise.