Certaines associations environnementales se sont engagées, notamment aux côtés des apiculteurs défendant la suppression des insecticides systémiques.

Pour ces associations, le lien entre surmortalité des abeilles et pesticides n’est pas à prouver. Pour elles, les enjeux écologiques que traduit la surmortalité sont tels qu’il leur est inconcevable de continuer à utiliser ces pesticides, qui contribuent à une perte de diversité pour l’environnement et nuisent à l’environnement.

Une association environnementale, l’association Terre d’abeilles, est particulièrement impliquée. C’est une association créée en 2002 et parrainée par l’institut européen d’écologie qui se définit comme un « relais d’information indépendant vers les consommateurs, les pouvoirs publics et les politiques ». Terre d’abeilles veut protéger l’abeille pour son rôle environnemental, pour la pollinisation, son importance pour la biodiversité et comme indicateur de la qualité des écosystèmes. Pour cette association, la dangerosité des pesticides ne fait aucun doute, mettant en avant une mauvaise homologation des produits phytosanitaires en raison de disfonctionnements administratifs et des « conclusions cinglantes » de la part des « chimistes, biologistes, toxicologues, spécialistes de l’abeille » en faveur de leur hypothèse. L’association milite pour transformer ce qu’ils considèrent comme une vérité scientifique en fait politique et réglementaire : elle veut obtenir une « législation européenne en matière d’autorisation des produits phytosanitaires rigoureuse, respectueuse des abeilles et autres insectes pollinisateurs, respectueuse de l’environnement et de la santé publique ». L’association participe, au côté des syndicats apicoles à diverses actions, comme des lettres d’information, des pétitions, ou des actions politiques, campagnes d’informations des parlementaires français et européens (liste des députés soutenant Terre d’abeilles), négociations avec le ministère de l’Agriculture.

Outre Terre d’abeilles, plusieurs associations environnementales s’engagent contre les pesticides, la surmortalité des abeilles étant alors utilisée comme un argument s’ajoutant aux autres problèmes posés par les pesticides. C’est ainsi le cas du MDRGF (Mouvement pour le Droit et le Respect des Générations Futures), de l’ACAP (Association Citoyenne d’Alternative aux Pesticides) ou encore de l’association France Nature Environnement.

Au côté des associations environnementales, il faut noter le rôle que joue la Confédération paysanne, un des plus importants syndicats agricoles français. Ce syndicat se place effectivement contre l’usage des pesticides, qu’elle considère d’une manière générale comme abusive, et défend une agriculture durable et respectueuse de l’environnement. Il souhaiterait une réduction générale de l’usage des pesticides en général, et la promotion d’alternatives. Le syndicat met en cause l’AFSSA comme manquant de rigueur et d’objectivité et l’État, « garant de la santé publique et environnementale [qui] s'est pourtant désengagé de ses responsabilités d'expertises sanitaires. C'est sur la foi des seules études réalisées par Syngenta, propriétaire du produit, que cette autorisation a été délivrée. Circonstance aggravante, Syngenta s'oppose à ce que les documents censés établir l'innocuité du Cruiser pour l'environnement soient consultés. Y aurait-il quelque chose à cacher ? »