Les scientifiques ont une place centrale. Ils vont effectuer des études qui permettront de faire avancer les positions des acteurs : conforter les arguments des firmes ou des apiculteurs, orienter les décisions des pouvoirs publics.

Les scientifiques n’adoptent pas une position consensuelle vis-à-vis de la surmortalité des abeilles et de ses causes. La division des scientifiques est très forte, les publications scientifiques et rapports d’expertise contradictoire qui sont publiés le mettant bien en avant.

Les interprétations des données obtenues peuvent aussi largement varier : les mesures de toxicité aiguë ont ainsi mené à différentes interprétations, ces mesures dépendant d’une large gamme de facteurs de variabilité, comme l’état physiologique des abeilles lors de l’expérimentation.

Cette division implique donc les données variables peuvent faire apparaître les pesticides systémiques comme plus ou moins majeurs dans la surmortalité des abeilles. Les scientifiques ont donc été amenés à prendre en compte de façon plus importante les synergies qui peuvent exister entre agents parasitaires, perte d’immunité due aux pesticides, variabilité du climat, de l’alimentation. C’est ainsi la multifactorialité qui semble être la thèse la plus consensuelle au sein du monde scientifique.

Ils intègrent à ceci les pesticides comme cause potentielle à des degrés différents, dépendant de leur affinité scientifique avec l’abeille principalement, mais aussi de leur implication dans les comités d’expertise. Les scientifiques n’ayant par exemple étudié que l’abeille ou les insectes pollinisateurs prennent en général peu en compte les pesticides et se concentrent sur leur objet d’étude, l’abeille,  reconnaissant plus volontiers la dangerosité et le rôle des pesticides dans la surmortalité des abeilles.