Les colonies d’abeilles peuvent être en proie à des troubles. Ainsi il existe un vocable abondant dans la littérature pour désigner ces phénomènes : on parle de surmortalité, de syndrome de dépeuplement ou juste de dépeuplement, de dépopulation, de dépérissement, d'intoxications aiguës ou chroniques, de mortalité foudroyante, de mortalité insidieuse, de chutes de population, de disparitions, de désorientations, ou encore de comportement anormaux.

     Il faut ainsi différencier les phénomènes qui se cachent derrière ces termes. Selon les cas, les abeilles peuvent faire l'objet d'intoxications aiguës ou chroniques ou la surmortalité peut tout simplement être hivernale.

          Comme pour l'homme, les abeilles peuvent en contact avec des produits dangereux subir des intoxications. L'intoxication est aiguë lorsque la mortalité des abeilles est importante à court terme. Un contact entre les abeilles et un ou plusieurs produits à des doses létales induit cette mortalité au sein de la colonie comme à l'extérieur de la ruche. La toxicité chronique caractérise un affaiblissement à moyen et long terme de la colonie. Les doses de produits sont alors insuffisantes pour entraîner une mort directe et c'est pourquoi, on parle communément de doses sublétales. Pour l'UNAF, les pesticides et notamment le Gaucho, le Régent et le Cruiser sont responsables d'intoxications aiguës et chroniques des abeilles.

          La mortalité hivernale des abeilles est un phénomène naturel. Néanmoins, certains apiculteurs, dits apiculteurs d'alerte, ont alerté les pouvoirs publics en constatant une surmortalité hivernale des colonies depuis plusieurs années. Selon eux, le nombre de colonies de certains ruchers ne survivant pas à l'hiver peut parfois être très supérieur aux 10-15% de pertes considérées comme normales. Selon les hivers, les colonies du rucher peuvent disparaître jusqu'à la moitié de leur population initiale. Ces disparitions de colonies s'expliquent par la fragilité et l'affaiblissement préexistant des colonies. Pour Jean-Noël Tasei, l'hiver vigoureux ne fait alors qu'agir sur un terrain déjà favorable.

     Du fait de l'accélération du dépeuplement des colonies depuis 2006, le terme de syndrome de dépeuplement des colonies est utilisé pour désigner ces cas de disparition massive dont les causes ne sont pas clairement identifiées. Les anglophones utilisent quant à eux le nom de Colony Collapse Disorder, CDD, pour désigner le fait que les ruchers se vident et que les abeilles disparaissent par milliers. Le syndrome, non saisonnier, correspond à la disparition brutale des abeilles d'une colonie.  « Ce phénomène se caractérise par la progressive diminution du nombre d’abeilles dans une colonie, sans cause apparente, jusqu’à que cette dernière entre en collapsus et disparaisse car les abeilles survivantes ne peuvent continuer les taches élémentaires au sein de la colonie » (source : HIGES et al., 2005, in LSA n°211)

          Les symptômes identifiables sont la disparition des abeilles adultes et des ouvrières de la colonie, sans pour autant retrouver les cadavres d'abeilles autour des ruches. De même les œufs peuvent être abandonnés, tout comme les réserves de miel et de pollen. Les réserves sont normalement immédiatement volées par d'autres abeilles. Les ruches abandonnées sont par ailleurs attaquées par d'autres insectes après un temps beaucoup plus long que la normale. On ne sait pas du tout où vont les abeilles, ni pourquoi elles abandonnent leur colonie. Ce phénomène est rapporté par de nombreux apiculteurs à travers la France.

         Le syndrome de dépeuplement des colonies est apparu aux Etats-Unis et en Europe  (Belgique, France, Pays-Bas, Grèce, Italie Portugal et Espagne majoritairement) à la fin de l'année 2006. Les causes de ce phénomène restent inconnues, mais de nombreuses hypothèses ont été émises.