Le nom actuel du ministère date du remaniement du 18 mars 2008 ; il se nommait précédemment ministère de l'écologie, du Développement et de l'Aménagement durables (MEDAD). Quatre secrétariats d'état sont rattachés à ce ministère : le secrétariat à l'écologie (poste occupé par Chantal Jouanno) et le Secrétariat aux Transports (poste occupé par Dominique Bussereau) créés le 19 juin 2007, ainsi que le secrétariat chargé du Développement de la région-capitale (Christian Blanc) et le secrétariat chargé de l'Aménagement du territoire (Hubert Falco) créés le 18 mars 2008.
Le ministère commande des études à l'ADEME, notamment, sur les agrocarburants sur le champ technique ou environemental.
Il préconise l'autorisation ou l'interdiction des différents agrocarburants. Il n'autorise pas l'usage d'HVP pour les particuliers.
Il préconise l'incorporation d'agrocarburants dans le gazole, conformément aux directives européennes.
Il encourage le développement d'agrocarburants.