Les facteurs explicatifs alternatifs :

La place exclusive ou du moins prépondérante de l’influence des pesticides dans la surmortalité des abeilles est largement critiquée, aussi bien par une partie du monde apicole, que par les firmes ou encore par certains scientifiques. En effet, l’abeille est soumise, dans son environnement, à de nombreuses contraintes, contraintes externes, telles que le climat ou l’appauvrissement pollinique, et à des contraintes internes, parasites, maladies. Ces contraintes peuvent être très fortes, affaiblissant fortement l’abeille.

Mais le fait le plus préoccupant qui est souligné est la synergie fréquente de plusieurs de ces facteurs : c’est cet argument de la multifactorialité qui est mis en avant par une majorité des acteurs qui réfutent l’exclusivité des pesticides dans la surmortalité des abeilles. Si les firmes soutiennent l'idée de la multifactorialité en en excluant les pesticides, certains scientifiques, et les experts de l’AFSSA, favorisent cette hypothèse tout en y intégrant les pesticides comme cause potentielle parmi les nombreux facteurs.